Dans cet opus, on peut se procurer les fossiles de toutes les générations confondues. Cependant, ils n'ont pas d'emplacements fixes. Ils se trouvent dans les souterrains, donc munissez-vous de l'explorakit qui se trouve à Vestigion. Les fossiles sont rares et par conséquent difficile à trouver, creusez dans les murs bombés de la même manière que pour trouver les sphères et tous types d'autres trésors.

Un nouveau fossile se trouve dans Pokémon Version Diamant : le fossile crâne qui donne Kranidos..

Les Pokémon correspondants aux fossiles sont :

Fossile Dome > Kabuto (Pokedex national Requis)

Fossile Nautile > Amonita (Pokedex national Requis)

Vieil Ambre > Ptera (Pokedex national Requis)

Fossile Racine > Lilia (Pokedex national Requis)

Fossile Griffe > Anorith (Pokedex national Requis)

Fossile Crane > Kranidos

Pour ressusciter un fossile, il faut aller à Charbourg. Dans le musée, parlez à l'homme situé derrière le comptoir et il vous proposera de ressusciter le Pokémon correspondant au fossile donné.