Dans chaque séquence d'évasion, vous pouvez trouver un code secret, en plus du code d'évasion, en remplissant certaines conditions. Le code d'évasion s'inscrit toujours à gauche (sur fond vert), tandis que le code secret s'inscrit toujours à droite (sur fond bleu). Vous pouvez les rentrer dans n'importe quel ordre puisqu'il suffit de refermer le coffre pour pouvoir entrer un nouveau code. Vous obtenez davantage de fichiers (récompense or) lorsque vous restez en Difficile que lorsque vous passez en Facile (récompense argent). Les fichiers apparaissent dans la section des archives secrètes. Si vous réussissez toutes les salles en Difficile et obtenez toutes les archives, vous débloquerez une fin bonus liée à la fin de Phi.