Juste après être passé à l'âge adulte et avoir appris le prélude de la lumière, vous pouvez accéder au Boss Challenge en allant vous reposer sur votre lit dans la hutte du village Kokiri. Ce mode vous permet d'affronter en temps limité les boss que vous avez déjà vaincus dans l'aventure. Pour pouvoir affronter tous les boss à la suite, vous devez d'abord les vaincre l'un après l'autre dans le mode Boss Challenge.