Quand vous affronterez Bowser pour la première et deuxième fois, assurez-vous d'avoir Bombettie dans votre équipe. Ayez aussi les insignes Plus Power et Plus Defense. Au début du combat, utilisez la bombe de Bombettie (elle n'utilise que 3 FP et fait beaucoup de dégâts). Vous devez faire 6 dégâts dans la première bataille et 5 dans la seconde. Soignez Mario et utilisez des attaques qui ne coute pas de FP. Dans le second affrontement, les étoiles vous aideront au début. Assurez-vous d'avoir au moins 40 HP. Ne tenez pas compte de votre nombre de FP. Assurez-vous de sauver le pouvoir des étoiles et utilisez le pouvoir des anciens (Elder Power) quand Bowser vous frappe avec ses griffes et vous empoisonne. Durant la première bataille, Bowser a 50 HP, pour la deuxième il en a 99.