Après avoir fini l'aventure, vous pouvez vous balader librement dans le monde Shinobi. Vous pouvez alors accomplir des quêtes pour différents ninjas. Une fois une quête finie, le ninja à qui vous avez rendu service vous enverra des lettres, faîtes alors en sorte de bien répondre à celles-ci pour augmenter votre niveau d'amitié. Si vous avez mal répondu vous n'aurez pas de points d'amitié en plus, mais ne vous inquiétez pas car il est simple d'en gagner.

En entrant au manoir du Hokage, parlez au ninja avec un point d'exclamation rouge au dessus de sa tête, vous pouvez alors modifier votre équipe. Choisissez donc le ninja avec lequel vous voulez votre barre d'amitié au maximum et validez la nouvelle formation de votre équipe.

- Comme première façon, vous pouvez vous rendre chez Ichiraku et manger des nouilles de l'amitié. Cela augmentera le niveau d'amitié avec les membres qui sont dans votre équipes. Vous pourrez ainsi en manger autant de fois que nécessaire pour avoir votre niveau d'amitié rempli au maximum.

- La deuxième méthode consiste à parler à l'organisateur de combat se trouvant au Sud-Ouest de Konoha pour vous battre avec un des membres de votre équipe. Cela renforcera vos liens d'amitié si vous gagnez. Néanmoins faîtes attention, plus vous battez un ami et plus il deviendra fort. S'il gagne un combat votre niveau d'amitié se verra diminué.

Le niveau d'amitié est très utile puisqu'il vous permet de jouer des cut-scenes qui débloquent des cartes ninjas et des titres pour votre profil ninja en ligne.