Les crédits défilent, mais le jeu n'est pas terminé pour autant. Retournez au Parc des Voeux et allez en son coeur pour trouver Scrutella et Mesmérella. Elles vous diront que Sidérella "déprime" depuis que Darkrai s'est jeté dans le Tourbillon de Noirceur. Elles vous demanderont alors de sauver ce dernier...

Pour commencer, tout au long de l'aventure, vous pourrez trouver des Plumes Blanc Réel, qui sont des plumes du légendaire Reshiram. Nous y reviendrons plus tard.

Allez parlez à Clamiral, Majaspic et Roitiflam pour glaner des informations sur le Tourbillon. Roitiflam vous donnera alors une pierre "faite dans le plus dur des matériaux qui existent". Pour la briser, retournez voir Symbios dans son Laboratoire pour qu'il vous dise qu'il a besoin des puissances de l'air, de la foudre et de la terre.

Retournez voir Clamiral pour qu'il vous conte une petite légende sur Boréas. Avec Vipélierre, sautez sur les plates-formes à gauche de la fontaine de la plage et utilisez Gruikui pour briser le rocher qui vous barre la route. Vous verrez alors une stèle. Examinez-la pour que Boréas apparaisse et vous défie à la course. Battez-le pour qu'il aille voir Symbios. Avant de partir, il vous parlera de son ami Fulguris.

Avec l'aide de Grodrive, rendez-vous au Colisée, mais allez voir Vaututrice tout à gauche de Grodrive. Elle vous demandera 30 Feux Eternels. Si vous les lui donnez, elle vous emmènera sur un petit mont, avec une stèle. Là encore, examinez-la pour que Fulguris apparaisse et vous défie lui aussi à la course. Battez-le pour qu'il vous parle de Déméteros, avant de rejoindre Boréas.

Retournez au Clos de Verdure et longez le lac, puis au bout, tournez à gauche et montez pour voir Charpenti. Il vous dira qu'il a réparé le pont. Traversez et allez tout au bout pour découvrir la Zone Mystique, où vous pourrez faire deux choses TRES importantes.

Avec Moustillon, nagez jusqu'au centre du lac pour trouver la dernière stèle. Une fois de plus, examinez-la pour que Déméteros apparaisse et vous provoque en duel. Utilisez de préférence Moustillon. Une fois battu, il rejoindra ses deux compères au Laboratoire.

Deuxièmement, avant de quitter la zone, cherchez une sorte d'escalier naturel (comme sur la Plage du Ressac). Sautez et allez tout au bout pour trouver un autel à l'effigie de Reshiram. Si vous avez 20 Plumes Blanc Réel, vous aurez la possibilité de rejoindre Reshiram dans son repère. Utilisez de préférence Moustillon, car il vous défiera en duel. Une fois vaincu, vous sortirez automatiquement de son repère.

Une fois que tout cela est fait, retournez au Laboratoire et parlez à Symbios. Avec l'aide de Boréas, Fulguris et Déméteros, il brisera la pierre que Roitiflam vous a donnée.

Ceci fait, retournez au Palais des Voeux et montez les escaliers. Vous verrez alors deux chandeliers. Examinez le mur entre eux pour qu'une stèle à l'effigie de Zekrom apparaisse. Vous serez immédiatement téléporté dans son repère. Il vous proposera lui aussi un duel. Sachez juste qu'aucun des 4 Pokémon n'est véritablement fort face à lui. Evitez cependant de prendre Pikachu, car il est très désavantagé.

Quand il sera lui aussi vaincu, le jeu sera terminé pour la seconde fois.

Après le générique de fin, vous reverrez Darkrai, qui deviendra votre ami. Et si vous souhaitez vous lier d'amitié avec Scrutella, Mesmérella et Sidérella, il suffira de leur parler et de les battre lors d'un combat.