En profitant de la gravité réduite, avancez droit vers le nord pour entrer dans la grotte lunaire face au checkpoint du mur du silence. Laissez-vous tomber en contrebas à droite pour prendre possession d'un Koopa squelette et utilisez ses ailes pour traverser le champ de lave.
Prenez ensuite les commandes d'un char pour faire le ménage et reprendrez le contrôle d'un Koopa pour traverser le gouffre qui suit et atteindre un câble électrique. Exécutez une attaque plongeante sur l'interrupteur pour lancer la plate-forme, prenez possession d'un Koopa pour pouvoir détruire les parois de terre un peu plus loin et réitérez la manœuvre avec les mille-pattes pour pouvoir suivrez sans peine la plate-forme en contournant les obstacles.
Avancez vers le grand mur de pierre qui suit pour déclencher l'arrivée d'un missile géant, prenez-en le contrôle et accélérez en évitant les obstacles pour atteindre la zone suivante. Pressez l'interrupteur, prenez possession du golem à lunettes et repérez le parcours en les enfilant pour pouvoir traverser.
Prenez le contrôle du footballer qui suit pour pouvoir charger dans le flux de rochers et suivez la file de rochers suivante pour atteindre un autre footballer, avec lequel il faudra filer droit pour pouvoir remonter la pente. Vous atteignez ainsi un dernier câble électrique vous menant au boss de la grotte. Celui-ci vaincu, entrez dans la cathédrale et frappez plusieurs fois la porte pour interrompre la cérémonie et vous confronter à Bowser.
Ce dernier vaincu, après avoir chuté dans les profondeurs de la lune, approchez-vous du reptile inconscient et lancez Cappy sur lui pour en prendre le contrôle. Commencez alors une course contre la montre : détruisez les parois de pierre, courez sur les blocs qui s'effondrent en évitant les roches oranges et libérez la passerelle en détruisant le roc qui entoure sa base.
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Dans le niveau 2D, détruisez rapidement les blocs pour pouvoir avancer et sauter avec précision, détruisez toujours plus de parois rocheuses une fois de retour en 3D et une fois rendu dans la grande salle, faites-en le tour dans un sens ou dans l'autre en détruisant la base des quatre piliers pour les faire s'écrouler et rendez-vous au centre pour saper un dernier pilier et vous échapper sous forme d'électricité.