Comme on pouvait s'y attendre, le boss final de Crash Bandicoot 2 n'est autre que le Dr. Neo Cortex. Cette fois, l'affreux vous affronte dans l'espace. Utilisez votre jet pack pour le poursuivre en évitant les astéroïdes et les mines qui se dressent sur votre chemin. À l'inverse de certains niveaux du jeu, il n'est pas très dur à vaincre. Vous devriez en venir à bout sans trop de problèmes.