Vous pouvez débloquer Seto Kaiba dès le début du jeu grâce au didacticiel. Cependant, si vous avez choisi Yami Yugi, il faudra atteindre la niveau 15 des missions de Yu-Gi-Oh! Duel Links pour le déverrouiller et remplir les objectifs suivants :

• Utiliser une carte magique 5 fois dans un seul et unique duel (Récompense : 8.000 pièces d'or) ;
• Collecter 10 cartes (Récompense : 8.000 pièces d'or) ;
• Invoquer une fois le Magicien Sombre (Récompense : 20 Clés de Portail blanches) ;
• Battre Seto Kaiba (Niveau 30) (Récompense : 8.000 pièces d'or) ;
• Remplir tous les objectifs ci-dessus (Récompense : 3 Pierres de lumière).

MàJ : A compter du 13 février 2017, il est également possible de débloquer la carte Monstre "Chevalier Familier" avec Seto Kaiba.