Vous pouvez débloquer Yami Yugi dès le début du jeu grâce au didacticiel. Cependant, si vous avez choisi Seto Kaiba, il faudra atteindre la niveau 15 des missions de Yu-Gi-Oh! Duel Links pour le déverrouiller et remplir les objectifs suivants :

• Utiliser une carte magique 5 fois dans un seul et unique duel (Récompense : 8.000 pièces d'or) ;
• Collecter 10 cartes (Récompense : 8.000 pièces d'or) ;
• Invoquer une fois la Dragon blanc aux yeux bleus (Récompense : 20 Clés de Portail noires) ;
• Battre Yami Yugi (Niveau 30) (Récompense : 8.000 pièces d'or) ;
• Remplir tous les objectifs ci-dessus (Récompense : 3 Pierres de ténèbres).

MàJ : A compter du 13 février 2017, il est également possible de débloquer la carte Fusion "Gaïa le Dragon Champion" avec Yami Yugi.