Pour venir à bout des boss de Mega Man 6 plus facilement et ainsi obtenir les bonus et power-up plus rapidement, il est conseillé de les affronter dans l'un des ordres suivants :

• Plant Man → Tomahawk Man → Yamato Man → Knight Man → Centaur Man → Wind Man → Flame Man → Blizzard Man

OU

• Flame Man → Knight Man → Blizzard Man → Plant Man → Tomahawk Man → Yamato Man → Centaur Man → Wind Man

OU

• Flame Man → Blizzard Man → Plant Man → Tomahawk Man → Yamato Man → Knight Man → Centaur Man → Wind Man