En plus du jeu principal et des défis Toad, Super Mario Run vous permet de gérer votre propre Royaume Champignon. En l'améliorant, vous pourrez ainsi construire de nouveaux bâtiments et décorations, comme des tuyaux ou des maisons Toad. Parmi ces constructions, vous trouverez certains éléments cosmétiques mais aussi des bâtiments pouvant vous fournir des bonus (comme des tickets pour les défis Toad) ou des personnages supplémentaires.

Vous voulez construire un bâtiment à un endroit précis et un Thwomp vous gêne ? Il vous suffît d'aller dans le mode construction, de sélectionner le marteau et de tapoter le Thwomp en question pour vous en débarrasser.