Les blocs font partie des éléments traditionnels présents dans tous les jeux Mario, mais Super Mario Run en propose de nouveaux qu'il faudra apprendre à reconnaître. Le bloc de pause par exemple, vous permet d'arrêter Mario et ainsi de planifier vos prochaines actions. D'autres nouveaux blocs font leur apparition comme un transparent affichant une flèche en pointillés faisant apparaître des traînées de pièces lorsque Mario les touche. Enfin, avec un bon timing vous pourrez augmenter votre vitesse en touchant un bloc avec une flèche visible.