Parmi d'autres nouveautés, Super Mario Run introduit une nouvelle mécanique de franchissement, permettant à Mario de bondir automatiquement au dessus de petits ennemis – comme les Goombas – ou des obstacles. En tapotant l'écran au moment où Mario franchit un ennemi, vous pourrez ainsi exécuter un saut avec appui, vous propulsant plus loin tout en vous débarrassant de l'ennemi. Grâce à cette technique, il sera ainsi possible d'activer certains interrupteurs, comme les interrupteurs P, qui cachent des pièces bleues.
En atterrissant après un saut d'une certaine hauteur, Mario exécute automatiquement une roulade qui le protège des ennemis. Cette roulade peut être combinée à un saut afin de pouvoir sauter encore plus loin. Parmi les nouveaux mouvements de Mario, on peut aussi noter la possibilité de s'accrocher au rebord d'une plateforme lorsqu'il tombe tout près d'elle. Particulièrement pratique lorsqu'on a mal évalué la distance d'un saut.
