Depuis la mise à jour (MAJ) de Pokémon GO d'octobre 2016, il est possible d'effectuer des réglages sur le Pokémon GO Plus, atténuant l'un de ses principaux inconvénients. En effet, jusqu'ici, par défaut, face à un Pokémon sauvage et un PokéStop, appuyer sur le bouton de son Pokémon GO Plus déclenchait en priorité la tentative de capture du Pokémon plutôt que la validation du PokéStop. De nombreux joueurs se plaignaient de ne pas pouvoir activer certains PokéStops à cette occasion.

S'il n'est toujours pas possible d'inverser cette priorité (ou encore de paramétrer le type de Pokéball envoyé sur les Pokémon sauvages), il est en effet possible de désactiver totalement l'activation des PokéStops ou la capture des Pokémon sauvages (voire les deux). Ce paramétrage s'effectue depuis le sous-menu "Pokémon GO Plus" du menu "options" de Pokémon GO, en espérant prochainement pouvoir effectuer des réglages plus fins.