Si les avantages du Pokémon GO Plus sont nombreux, l'accessoire pour Pokémon GO souffre également de problèmes et d'inconvénients fâcheux qu'il est important de connaître avant de se procurer un Pokémon GO Plus. Notez que ces inconvénients correspondent à la première version du Pokémon GO Plus à son lancement en septembre 2016 : certaines de ses fonctionnalités pourront être améliorées ou paramétrées par la suite et les problèmes corrigés.

• Le Pokémon GO Plus ne permet que des lancer des Poké balls de base pour capturer les Pokémon sauvages rencontrés au cours de vos déplacements : en aucun cas ce dernier ne lancera de Super Balls ou d'Hyper Balls, ce qui peut être fâcheux si vous croisez un Pokémon rare qui mériterait que vous sécurisiez absolument sa capture en utilisant vos meilleures balles.

• Le Pokémon GO Plus ne détecte pas les Pokémon sauvages attirés par l'Encens : impossible donc d'en activer un puis de ranger votre téléphone et de chasser pendant 30 minutes les monstres que vous espériez attirer grâce à lui. Les Pokémon sauvages attirés par les modules leurre, eux, seront bien détectés par le Pokémon GO Plus. (Ce problème a été corrigé lors de la mise à jour du 23 septembre de Pokémon GO)

• Si votre Pokémon GO Plus est à la fois en présence de Pokémon sauvages et de PokéStops, le bracelet accessoire tentera d'abord de vous faire capturer les Monstres sauvages, et non d'activer les PokéStops. Cela va à l'encontre des habitudes des joueurs qui préfèrent généralement activer les PokéStops à leur portée avant de déclencher la séquence de capture, qui peut elle s'accomplir tout en marchant vers d'autres PokéStops. Le Pokémon GO Plus ne permet donc pas d'optimiser aussi bien le gain d'expérience pour gagner des niveaux rapidement. Depuis la mise à jour (MAJ) de Pokémon GO d'octobre, il est possible d'effectuer certains réglages du Pokémon GO Plus, sans parvenir pour autant à une situation optimale.