Dans Pokémon GO, certaines Arènes et certains PokéStops peuvent être placés à des endroits qui peuvent être problématiques. Ils peuvent en effet parfois présenter un danger pour les joueurs (placés sur une route très fréquentée, sur des propriétés privées interdites d'accès...) mais également pour les riverains des ces points d'intérêts virtuels (rassemblements fréquents, menace pour la sécurité de bâtiments officiels...). Cela a conduit Niantic Labs a devoir supprimer plusieurs Arènes et PokéStops pour raison de sécurité.
L'un des cas de suppression d'Arène et de Pokéstops problématiques les plus marquants jusqu'à présent a été repéré aux États-Unis, autour du Capitole de l'État de Caroline du Sud à Columbia. L'Arène qui se trouvait sur le bâtiment mais aussi tous les Pokéstops dans les espaces verts aux alentours ont été supprimés début août. La zone était réputée mal fâmée en soirée et complexe à sécuriser par les forces de police.
Les demandes de retrait de Pokéstop peuvent être effectuées sur le site de Niantic Labs via un formulaire de requête, tant pour l'ajout ou la suppression de lieux, pourvu qu'elles soient motivées et le nom précis de l'endroit indiquées. Le développeur de Pokémon GO est cependant assailli de demandes à l'heure où nous écrivons ces lignes (début août 2016) et a suspendu l'enregistrement de nouvelles requêtes en attendant d'avoir traité les précédentes.