La première mission du jeu vous oppose à Crocodile afin de vous apprendre les commandes principales du titre. Vous n'êtes pas obligé de suivre les indications pour venir à bout de l'ancien Capitaine Corsaire cependant il possède beaucoup de points de vie ainsi qu'une régénération. Vous devrez donc le frapper en continu.

Chapitre extra 1 : pour débloquer le chapitre extra, battez Crocodile avec plus de 80% de votre vie. Vous arriverez alors à un nouveau chapitre vous opposant à Gecko Moria.

Chapitre extra 2 : pour débloquer le second chapitre extra, réalisez le K.O. avec Luffy. Vous incarnerez ensuite Invankov contre Bartholomew Kuma et Doflamingo.