Dès que la discussion avec Beth est terminée, passez la porte et descendez les escaliers. Une scène se déclenche lorsque le soldat vous aperçoit. Comme le jeu vous l'indique, maintenez la touche LB pour effectuer une accélération temporelle (image 97). Il s'agit d'un nouveau pouvoir qui vous permet de courir en ralentissant le temps, ce qui peut être très pratique pour passer les obstacles ou pour passer une porte avant qu'elle ne se ferme. Lorsque vous arrivez à hauteur de votre ennemi, appuyez sur B (image 98) pour effectuer une élimination rapprochée. Ouch, les dents ! Ouvrez la porte en utilisant le dispositif et maintenez la touche LB pour la passer sans encombre. Grimpez sur la planche pour atteindre la zone protégée par une mitrailleuse automatique (image 99). Utilisez une accélération temporelle pour l'atteindre et désactivez-là.
Revenez ensuite sur vos pas et repérez l'escalier en pierre en face de vous à gauche. Grimpez les marches et activer la vision temporelle (Y) pour débusquer une source de chronons (image 100). Descendez et rendez-vous près du panneau jaune "BUNKER HILL". Vous pouvez activer une vision temporelle en remontant le temps. Grimpez ensuite le plus vite possible et activer, si besoin, une esquive ou une accélération temporelle (image 101). Deux soldats montent la garde plus haut. Vous pouvez les éliminer facilement via une déflagration temporelle. Lorsque la zone est calme, montez sur la planche sur la droite et grimpez sur le muret en suivant le sentier de pierre. Au bout, vous trouvez une source de chronons (image 102).
Descendez et allez voir le panneau (image 103) qui se trouve au bout de la zone. Positionnez-vous près du canon noir et activer la vision temporelle pour "reformer" le canon. Montez dessus et tournez à gauche au niveau de la barrière pour trouver une source de chronons (image 104) en contrebas. Passez la barrière et apprêtez-vous à combattre. Plusieurs ennemis vous tombent sur le dos, dont des snipers qui n'hésitent pas à vous allumer. Protégez-vous derrière les éléments du décor (image 105) et n'hésitez pas à activer la vision temporelle pour repérer les bidons explosifs. Déplacez-vous en montant sur la colline, mais faites attention aux ennemis perchés dans les hauteurs. Vous êtes notamment accueilli par une mitrailleuse automatique. Désactivez-là et poursuivez votre chemin.
Ouvrez le portail et entrer dans le petit poste de commande pour activer la radio (image 106). Approchez ensuite de l'hélicoptère en contrebas et repérez une nouvelle source de chronons (image 107). Remontez et avant d'entrer dans le bâtiment, partez à droite et descendez l'escalier pour trouver une source de chronons (image 108). Entrez dans le local et repérez l'ordinateur (image 109) à droite puis entrez dans l'ascenseur dans la salle qui jouxte le poste de commande. Vous êtes attaqué par Monarch mais, par chance, le temps se fige. Ouvrez l'ascenseur et regardez la carte au fond.
Allez vers la sortie et utilisez l'arrêt temporel (RB) pour bloque la porte qui fait des siennes. Continuez votre chemin en allant tout droit. Tournez à droite en remontant, puis à gauche et activez la touche Y pour faire apparaître une source de chronons entre les deux panneaux (image 110). Faites demi-tour et entrer dans la petite salle qui se trouve sur votre gauche. Regardez la machine et sortez. Continuez sur votre gauche, allez tout droit et entrez dans la seconde salle. Plus vaste, elle abrite un absorbeur de chronons, ainsi qu'un ordinateur à droite et un tableau blanc au fond à gauche (image 111).
Continuez vers la porte qui déraille et activez votre bouclier temporel (ou arrêt temporel) pour passer sans encombres. Des ennemis vous attendent, mais le temps se fige à nouveau. Regardez la carte à gauche puis allez voir le grand panneau (image 112) en face de vous. Entrez ensuite par la porte de gauche et allez tout droit pour trouver une source de chronons au bout du couloir (image 113). Faites attention en revenant sur vos pas, vous êtes attaqué par les troupes de Monarch. Éliminez les belligérants, repassez devant le panneau et entrez par la porte qui se trouve juste à côté, avec deux civils qui obstruent l'entrée. Entrez dans le sas gris (image 114) et passez la porte. Une séquence se déclenche.
Jack est sous le feu ennemi et fait la connaissance avec un nouveau type de soldat, pas forcément très résistant mais armé d'une sulfateuse et d'un lance-grenade. Planquez-vous derrière les meubles et utilisez vos pouvoirs au maximum, notamment l'esquive ou l'accélération temporelle mais aussi le bouclier temporel pour faire ricocher les balles tout en continuant à tirer. Pour le vaincre, vous devez passer dans son dos et tirer sur le dispositif qui lui permet d'avoir une telle puissance. L'accélération temporelle est parfait pour le surprendre et se glisser dans son dos. Dès que vous êtes bien placé, tirez ! (image 115). S'il reste des soldats, éliminez-les et appuyez sur Y pour repérer la zone à rejoindre. L'idée est simple : vous devez remonter le temps (hop, vision temporelle) pour déplacer la structure métallique (image 116). Lorsque celle-ci est au sol, montez et attendez d'être à bonne hauteur pour vous déplacer sur les plateformes surélevées. C'est un petit passage où les sauts doivent être maitrisés. Vous arrivez devant une porte à bloquer avec l'arrêt temporel (ou bouclier). Une fois dans la pièce, commencez par regarder le tableau à droite (image 117).
Puis entrez dans le premier, le second et le troisième bureau pour trouver trois ordinateurs (image 118). Un dans chaque bureau. Allez ensuite dans le bureau du fond et repérez les deux ordinateurs et les deux documents (image 119). Sortez puis partez à droite pour trouver un autre ordinateur dans un bureau. Revenez sur vos pas et descendez le petit escalier qui se trouve à gauche de la porte d'entrée. Déplacez-vous en bas pour trouver une tasse (effet personnel) et deux ordinateurs (image 120). Repartez en arrière et passez par le sas jaune pour arriver dans une pièce où sont stockées des armes. Au niveau des casiers, récupérez la source de chronons (image 121). Revenez ensuite sur vos pas et remontez à l'étage pour récupérer le masque utilisé par le Dr Amaral (si vous êtes perdu, appuyez sur Y pour voir la position du masque). Redescendez tout en bas et passer par le sas jaune située à la toute droite et ouvrez la porte.