Il est grand temps d'activer une fois pour toute Liberty Prime pour le remettre sur le devant de la scène : allez donc placer l'agitateur dans son dos en grimpant à l'échafaudage, allez presser le gros bouton, puis suivez le colosse de fer en profitant de son incroyable puissance de feu lors des éventuelles escarmouches contre des groupes de synthétiques. Traversez avec lui le bras d'eau pour rejoindre ultimement le CIT, chassez jusqu'au moindre synthétique présent dans la zone et défendez Liberty Prime pendant qu'il scanne les environs.

Après avoir repoussé les hordes d'ennemis robotisés, observez le colosse forer un gros trou dans le sol pour vous faire une voie royale vers l'Institut et sautez dans le trou en question. Empruntez la seule voie disponible en passant par une section abandonnée de l'Institut et faites chauffer votre fusil laser pour occire la pléthore de synthétiques qui peuplent les lieux et détruire les tourelles.

Prenez garde au robot Sentinelle en veille au fond de la pièce qui suit, empruntez la trappe indiquée en vous laissant tomber et rejoignez la section centrale de l'Institut par le secteur biologie. Faites place nette en chassant tous les gardes présents, empruntez l'ascenseur central pour descendre et prendre le chemin des appartements de Père et, avec un Charisme de 10, persuadez ce dernier de vous aider pour pouvoir obtenir un mot de passe qui vous permettra de neutraliser certains synthétiques via son terminal.

Après avoir débloqué les accès sur ce même terminal, retournez dans l'atrium central pour occire les gardes restants, traversez la zone des systèmes avancés et rendez-vous au réacteur, défendu par de puissants synthétiques très bien équipés. Frayez-vous un chemin jusqu'à la chambre du réacteur pour y planter votre bombe, ce qui aura pour effet de vous téléporter automatiquement dans la salle d'arrivée, parlez au Shaun cybernétique qui apparaît et donnez ensuite le feu vert pour vous exfiltrer. Sur le toit à l'air libre, il ne vous restera plus qu'à dégager le bouton et à appuyer dessus pour détruire définitivement l'Institut.