Si vous n'aviez pas déjà détruit le Prydwen en vous alliant avec le RDR dans le cadre de la quête « Opération lumière rouge », alors c'est avec le soutient de l'Institut qu'il va vous falloir le faire. Et plutôt que de vous infiltrer sur le vaisseau de la Confrérie, il s'agira ici de vous rendre à l'aéroport de Boston, où celle-ci s'est installée, pour donner une correction aux Chevaliers et Connétables présents tout en retournant leur arme ultime contre eux.

Une fois sur place, faufilez-vous par la gauche, montez sur le toit en défouraillant à tout-va et détruisez un premier relais après avoir détruit le Vertiptère. Détruisez le second après avoir emprunté l'ascenseur, puis le dernier à l'étage inférieur, et allez passer le bonjour à Liberty Prime en trifouillant ses entrailles pour lancer son piratage. Lancez quelques balises pour appeler des synthétiques alliés à la rescousse, défendez les hackers et, une fois leur besogne finie, observez la destruction du Prydwen par les armes de Liberty Prime.