Sur le bon conseil de votre directorat, il va vous falloir éradiquer le Réseau du Rail pour assurer un futur consensuel et radieux à l'Institut. Inutile de préciser que, cette mission vous obligeant à éliminer tous les principaux membres de cette faction, elle mettra un point final à toutes les quêtes que vous pourriez encore avoir en cours avec eux.
Pour mener à bien cette entreprise d'annihilation, vous êtes seul aux commandes : rendez-vous simplement dans le repaire l'air de rien, placez si vous le souhaitez des mines aux endroits stratégiques de la pièce principale un peu exiguë et commencez à faire feu pour tuer tout le monde (Deacon peut toutefois se trouver à l'extérieur du repaire). Notez toutefois qu'avant de déclencher le carnage, il vous est possible d'avancer dans les quête du Réseau jusqu'à un certain point pour engranger de l'expérience : vous pourrez en effet repousser l'attaque de la CDA et contre-attaquer au commissariat de Cambridge dans la mission « La guerre à nos portes » puis détruire le Prydwen et la confrérie durant la quête « Opération lumière rouge » avant de devoir finalement passer à l'acte et décimer le RDR.
