Vous ne pourrez accéder à l'Institut et à leurs quêtes dédiées qu'à la fin de l'histoire principale, qui se conclue lorsque votre héros parvient à retrouver Shaun à l'Institut, justement.
Ceci fait, si vous acceptez d'aider Père à rétablir un peu d'ordre, vous écopez de cette mission à accomplir en tandem avec un chasseur synthétique que vous devrez retrouver sur la côte est, sur la presqu'île. Une fois vous et X6 réunis, chargez l'arme au poing sur le réseau d'épaves autours du Libertalia en défouraillant à tout va pour pouvoir avancer sans encombre. Il vous faudra faire de nombreux détours pour finalement arriver jusqu'au Libertalia proprement dit, soyez averti.
Frayez-vous ensuite un chemin dans les étages pour accéder à la cabine du capitaine, où X6 vous fera un petit point sur la marche à suivre pour désactiver complètement le chef bandit synthétique et où vous pourrez récupérer le fusil à pompe unique Le fusil terribles, puis montez sur le toit de l'épave. Prononcez la phrase de code pour neutraliser Gabriel, puis ne laissez pas le temps à ses acolytes de réaliser ce qui se trame en utilisant le VATS pour enchaîner les tirs à la tête et pacifier la zone. Après avoir looté les lieux, retournez voir Père et allez visiter vos nouveaux quartiers pour valider la mission.
