Entre les Mission 25 et 26, Ocelot vous préviendra qu'une terrible infection est en train de se propager sur la Mother Base, la même qui semblait toucher les cobayes dans la Bouche du Diable que vous aviez visité. Toute votre économie et toutes les activités liées à la base sont alors mises en pause et il vous est confiée la tâche de décider qui mettre en quarantaine pour éviter la propagation de ce mal inconnu.

Si vous désirez chercher par vous-même la solution à ce petit casse-tête médical, alors ne lisez pas ce qui suit ! La solution pour placer en quarantaine les bonnes personnes et limiter au maximum les pertes sur votre base réside dans les langues parlées par vos unités. En changeant le type d'affichage dans Gestion du personnel, vous pourrez en effet voir quelles langues chaque individu peut parler, et il y en a une en particulier qui est le vecteur de l'épidémie : le Kikongo. Vous devrez donc placer, au prix d'un long travail de listing, tous les soldats de toutes les sections qui parlent Kikongo en quarantaine.

Malgré cette mesure, plusieurs soldats trouveront la mort périodiquement, aucun vaccin n'étant connu, aussi il est préférable de vite enchaîner les Missions 26, 27, 28 et 29 : à la fin de cette dernière, votre base sera en effet traitée contre les effets de la maladie.