Aux alentours de la Mission 21, Ocelot vous informera qu'une attaque est en cour sur la Mother Base : retournez-y alors illico afin de bouter les envahisseurs hors de vos installations. Cette mission ne possède aucune condition particulière et ne sera d'ailleurs pas sanctionnée par une note comme c'est le cas avec les autres : que ce soit discrètement ou à grand renfort de lance-grenade, frayez-vous un chemin jusqu'au commandant ennemi, souvent retranché tout en haut de la plateforme R&D, et neutralisez-le de façon plus ou moins définitive (l'extraire vous valant l'obtention d'une très bonne recrue).