Avant de pouvoir aborder les dirigeables à proprement parler, vous allez devoir préparer le terrain et vous équiper. Commencez donc par éliminez les soldats qui gardent la console contrôlant le réseau de tourelles aux alentours (prenez le pilote de drone par surprise en premier depuis l'étage supérieur), détruisez ladite console avec du gel explosif, puis grimpez tout en haut de la tour Wayne International Plaza pour aller récupérer, après un contrôle rétinien d'usage, votre nouveau joujou : le Dispositif de piratage à distance.

Allez l'inaugurer sur le dirigeable indiqué pour ouvrir l'écoutille en piratant la console à l'intérieur avec la vue détective activée, descendez, piratez les contrôles du drone en ciblant le soldat qui le contrôle avant de déchaîner sur le petit groupe la décharge électrique dudit drone, puis une fois au rez-de-chaussée, déverrouillez la porte à gauche en piratant la console à travers la vitre et trafiquez le terminal pour gagner un semblant de contrôle sur l'assiette du dirigeable. Faites-le donc pencher pour déplacer la caisse bloquant la trappe afin de pouvoir emprunter cette dernière, réitérez l'opération pour pouvoir descendre davantage, puis bloquez le verrou magnétique de la caisse du milieu en contrebas pour pouvoir dégager le passage, toujours en faisant pencher l'appareil.

Utilisez le grappin au fond pour grimper à l'étage en vous préparant à esquiver les coups de lame du super-soldat super bien équipé, lancez un étourdissement et une raclée dès que possible pour vous débarrasser du gaillard, puis déverrouillez la porte avec le dispositif de piratage. Vous retrouvez alors Stagg en mauvaise posture en contrebas : faites donc une entrée fracassante en déblayant la salle, repoussez la horde de Joker qui apparaît et après avoir retrouvé vos esprits, allez placer l'un de vos gadgets sur le terminal au fond de la pièce avant de passer par la trappe au sol juste à côté.

Faites pencher le dirigeable vers la droite, bloquez la caisse en piratant le verrou, penchez vers la gauche pour libérer le passage à droite, détruisez la paroi avec du gel explosif, bloquez le verrou de la caisse au fond de l'allée et faites pencher le dirigeable à droite pour ouvrir la voie vers l'autre bout de la soute. En haut des escaliers qui suivent, piratez la console pour ouvrir la porte et pouvoir grimper dans le conduit, ignorez la grille à pirater et grimpez plutôt dans l'étroit conduit en hauteur avec votre grappin dans la coursive.

Vous l'aurez deviné, il va vous falloir nettoyer la grande salle qui suit de fond en comble pour pouvoir continuer : commencez donc par vous placer au dessus du pilote de drone sur la droite pour pirater ses commandes et pouvoir neutraliser d'un coup les deux soldats suivis par ledit drone un peu plus loin, neutralisez une priorité les soldats blancs qui peuvent ranimer leurs collègues et interagissez ensuite avec l'ordinateur portable indiqué. En épluchant les caméras de surveillance, zoomez sur les mains de Stagg chaque fois que vous le voyez toucher le sol ou une surface quelconque pour localiser ses empreintes, allez les collecter pour reconstituer le jeu complet et retournez vers l'ordinateur pour détruire les tourelles de l'autre dirigeable.

Rebroussez chemin en passant cette fois par la grande porte, piratez la grille pour regagner la salle principale, éliminez à nouveau les soldats qui s'y sont crus en pique-nique (visez toujours les blancs en premier), choisissez la prochaine amélioration pour la Batmobile (privilégiez cette fois l'armement) et piratez la console pour ouvrir le rideau métallique. Envolez-vous ensuite pour l'autre dirigeable en fondant sur le groupe de soldats, faites sauter la paroi à droite avec du gel explosif, puis après avoir bidouillé la console au fond, faites pencher l'appareil à deux reprises pour détruire la baie vitrée à l'aide de la caisse qui se ballade derrière

Dans la coursive qui suit au fond à droite, écoutez si vous le souhaitez les logs de recherche de Stagg, qui vous apprennent une ou deux choses sur le losutique, utilisez ses empreintes au fond pour ouvrir les cellules et pénétrez dans le grand laboratoire qui suit. Vous l'aurez deviné, il s'agit d'une arène en bonne et due forme dans laquelle il va falloir faire place nette. A votre disposition, de nombreuses machines que vous pouvez activer à distance avec votre dispositif de piratage pour distraire les soldats et les prendre en défaut plus aisément. Attention toutefois, car une Brute équipée d'une gatling rode et il est préférable de vous occuper d'elle en dernier car elle nécessite un enchaînement précis de contres pour être vaincue.

Allez ensuite trouver Stagg dans sa cage de luxe avant de l'assommer, puis entrez dans la chambre du Déluge pour vous confronter à l’Épouvantail... ou pas. Quel que soit celui que vous choisissez, vous serez en effet exposé à une dose de gaz et devrez repousser quelques soldats avant que Crane ne s'enfuit lâchement en emportant sa création avec lui. En suivant l'objectif qui suit jusqu'à l'endroit où vous aviez secouru Ivy, vous retrouvez alors l'Oracle en fâcheuse posture et assistez impuissant à sa disparition. Il est temps de contre-attaquer !