Après avoir réchappé de ACE Chemicals, retrouvez Gordon dans le parking du GCPD et suivez-le en voiture à travers la ville. Le voyage ne sera toutefois pas de tout repos puisqu'un véhicule militaire prend Gordon en chasse : filez-lui au train à votre tour pour le neutraliser avec vos missiles et ainsi convaincre Gordon de monter à l'arrière de votre tank, puis continuez le trajet en disloquant les drones ennemis les uns après les autres (toujours en visant bien la partie supérieure). Une fois aux abords de la tour de l'horloge, allez vous débarrasser des soldats en faction dans le bâtiment adjacent pour pouvoir monter sur le toit et emprunter le passage secret et remettez le fauteuil roulant en place après la scène.

Utilisez le terminal après le départ de Jim pour éplucher la vidéo-surveillance, sélectionnez la caméra en haut à droite, faites avancer la bande jusqu'à pouvoir analyser le Chevalier d'Arkham portant Barbara ainsi que le véhicule dans lequel il la place, puis une fois sur la route utilisez le scanner à bord de la Batmobile pour suivre les traces de pneu du véhicule en question. Vous êtes toutefois interrompu en route lorsqu'une mine est mise en place sous vos yeux ébahis : allez donc poser un dispositif de piratage dessus à pied avant de regagner votre tank pour repousser les drones qui vous assaillent pendant l'opération. Ne vous reste ensuite plus qu'à surcharger la mine avec le treuil électrique.

Reprenez alors votre traque des traces de pneu jusqu'à arriver devant le pont relevé menant à Miagani Island, terminez le trajet « à pied » (comprendre par là : en planant dans les airs comme un faucon) et prenez position en hauteur sur la tour indiquée. Un pilote de drone pilote son engin sur un toit en contrebas : éliminez-le en priorité pour avoir la paix, réservez le même sort à ses acolytes en profitant des nombreux points d'observation à votre disposition et bidouillez le terminal indiqué pour laisser Alfred plancher sur le déblocage du pont. Vous allez en effet être un peu occupé de votre côté avec la prise d'otage de Nigma, qui met la vie de Catwoman dans la balance !

Rendez-vous donc à l'orphelinat, passez à tabac les hommes de Nigma qui attendent devant l'entrée en épargnant volontairement l'homme en vert (que vous pouvez interroger pour obtenir des emplacements de Trophées si vous l'isolez de ses compères) et allez détacher Catwoman à l'intérieur avant de tabasser du robot en duo. Nigma n'en a cependant pas fini avec vous et, si vous êtes libre de laisser de côté pour le moment toutes les missions qu'il vous impose, plusieurs challenge cognitifs et de pilotage vous attendent si vous décidez de sauver pour de bon Catwoman.

Pour l'heure toutefois, retournez à Mercy Bridge pour le traverser avec la Batmobile, non sans démolir les chars qui vous barrent la route (interceptez les missiles guidés ennemis avec votre canon secondaire) et terminez de remonter la piste du véhicule militaire du Chevalier d'Arkham. Vous atteignez alors une scène d'accident qu'il va vous falloir analyser dans le détail : inspectez donc tour à tour le véhicule, le conducteur éjecté plusieurs mètres devant le pare-brise, la portière côté passager détruite et éjectée elle aussi, près d'une caisse sur le quai, puis revenez scanner Barbara qui rampe en dehors du véhicule en arrière ainsi que l'impact de balle et la caisse toute proche où la jeune femme a lancé un objet.

Avec ce petit dispositif crypté en poche, rendez-vous à la tour Wayne pour débloquer son contenu sur votre ordinateur, choisissez l'amélioration que vous préférez ajouter à la Batmobile (le piratage est conseillé, car plus utile dans les modes de difficulté supérieurs pour les combat contre les larges groupes de drones) et reprenez la route vers le repaire du Chevalier. La porte extérieur cède sans poser de problème, mais la seconde au fond du tunnel est plus récalcitrante : utilisez donc le treuil pour détruire le ventilateur en hauteur en reculant un peu si nécessaire, engouffrez-vous dans l'ouverture à pied, puis frayez-vous un chemin à coup de gel explosif jusque dans le conduit.

Passez au dessus du ventilateur en utilisant la tyrolienne, lancez un batarang téléguidé pour atteindre le bouton isolé à gauche, utilisez à nouveau la tyrolienne à droite dans le passage ainsi ouvert et réitérez l'opération dans la salle suivante (utilisez le ralenti pendant la traversée en tyrolienne pour la ré-utiliser à mi-chemin vers la gauche). Ramassez le Trophée sur la droite avant d'aller vous placer en hauteur dans le tunnel et de remonter ce dernier vers la porte qui vous avez contraint à faire ce détour, empruntez le conduit au mur en bout de course et après avoir été chaudement accueilli par le Chevalier, inaugurez votre technique d'étourdissement sur la brute qui fait irruption, et que vous ne pouvez mettre au tapis qu'avec un combo raclée.

Mettez également KO ses compères en vous décalant rapidement sur la gauche lorsqu'un tank vous bloque la sortie, bidouillez le panneau électrique pour ouvrir le panneau et utilisez la télécommande pour contrôler la Batmobile et détruire la porte en bois et tous les drones qui vous attendent derrière. Une fois de retour dans votre tank personnel, une course poursuite s'ensuit : déchaînez vos missiles sur les véhicules ennemis tout en les envoyant dans le décor avec des déplacements vifs sur les côtés, stoppez le véhicule de tête et interrogez le soldat qui a servi de leurre en le menaçant avec les pneus de la Batmobile (n'ayez pas peur d'appuyer, vraiment).

La piste du Pingouin établie, retrouvez Nightwing, l'ancien Robin, sur un toit non loin pour récupérer le Brouilleur, inaugurez-le en désactivant les armes et les caisses de munition des soldats en contrebas avant de leur mettre une raclée, puis faites toc-toc à l'arrière de la camionnette après l'avoir marquée avec un mouchard. Suivez alors ladite camionnette en planant entre les toits et en veillant à la garder à l’œil, une fois arrivé au repaire détruisez en priorité la tourelle en haut à gauche en atterrissant derrière elle, puis faites le ménage à grand renfort d'éliminations furtives pour pouvoir aller emprunter la trappe menant à l'intérieur de la planque.

Passez ensuite par le conduit sur le côté pour pouvoir prendre le Pingouin par surprise, restez en alerte pendant votre interrogatoire pour contrer et repousser les attaques ennemies à l'arrière-plan, puis débarrassez-vous des hommes de mains du malfrat palmé après l'arrivée de Nightwing, en faisant attention à la brute qui fait partie du groupe. Détruisez ensuite le stock d'armes en plaçant du gel explosif dans la chambre forte, en la fermant et en faisant détonner le tout à bonne distance, faites mine de rebrousser chemin vers l'extérieur et mettez-vous à l'abri en hauteur pour éviter le tir croisé des tourelles.

Une seule solution pour sortir : appeler la Batmobile à la rescousse avec la télécommande pour pacifier la zone depuis un poste de tir en haut du parking en face du bâtiment. La voie dégagée, votre prochain objectif se trouve dans les cieux de Gotham, dans les dirigeables Stagg.