Deux énigmes vous attendent dans la Tour de Ganon. La première concerne une série de quatre prismes qu'il faut activer dans l'ordre suivant : 3, 1, 4, 2, pour pouvoir poursuivre. La seconde consiste à trouver le chemin qui mène à Ganon lorsqu'on vous dit de suivre les directions des glaives. N'affrontez le boss que lorsque c'est vraiment nécessaire. Vous devez d'abord prendre la porte située derrière vous par rapport à l'endroit où vous atterrissez, puis à gauche, tout droit, à gauche, à droite et enfin tout droit.