Final Fantasy Crystal Chronicles vous propose de fusionner les sorts. En utilisant le menu Commandes, il est possible de fusionner les attaques magiques pour obtenir une nouvelle attaque. Imaginons que vous reliez le sort Brasier au sort Glacier, vous obtenez le sort Gravité. Ensuite, durant le jeu, il suffit de sélectionner le sort correspondant avec les touches latérales L1 et R1 et d’appuyer sur le bouton d’action pour le lancer.