Après avoir terminé la missions "Appel Anonyme" vous pourrez accéder aux Contre-Mesures du bureau. Il ne s'agit pas vraiment de missions secondaires à proprement parler, mais plutôt d'objectifs à accomplir afin d'obtenir des mods pour vos armes ou votre personnage. Vous pourrez les obtenir et les valider dans n'importe quel point de contrôle du bureau.

Dans la plupart des cas, ces Contres-Mesures vous demanderont de tuer un certain nombre d'ennemis du Hiss. Pour ce faire, vous devrez soit utiliser une certaine arme, soit l'un de vos pouvoirs, vous rendre dans un secteur précis, ou bien tuer un certain type d'ennemi.

Une fois l'objectif accompli, il vous suffira de vous rendre dans le point de contrôle le plus proche pour valider la Contre-Mesure, et obtenir votre récompense.