Dans Lemmings Paintball sur PC, vous devez toujours guider un ou plusieurs Lemmings à travers des niveaux alambiqués, mais la vue est désormais de dessus en 3D isométrique. Les bestioles n'avancent plus toutes seules, vous devez cliquer là où vous voulez qu'elles aillent. Sur leur route, elles croiseront de multiples dangers dont des ennemis qu'elles peuvent asperger de peinture.