Snatcher sur Mega CD est un jeu d'aventure se déroulant dans un univers futuriste. L'histoire débute le 6 juin 1996 lorsqu'une arme biologique russe s'échappe dans l'atmosphère et fait des ravages. 50 ans plus tard, des snatchers (formes de vie artificielle humanoïde) tuent leurs victimes pour endosser leur apparence et s'infiltrer dans la société. Le joueur incarne Gillian Seed, un amnésique travaillant pour Junker, chargé de résoudre le mystère des Snatchers.