Toki Tori sur Gameboy Color est un puzzle-game qui comporte quelques éléments empruntés au genre plate-forme. Donnant son titre au jeu, Toki Tori est un jeune poulet qui part à la rescousse de ses jeunes frères encore dans leurs oeufs. Pour franchir chaque niveau, le joueur doit réfléchir et se servir de nouveaux éléments introduits petit à petit pour récolter tous les oeufs présents.