Plus loin dans l'aventure Raiden comprend que Pliskin, l'homme qui l'a aidé jusqu'ici, n'est autre que Snake et une fois le virus lancé pour infecter tout le système notre jeune héros se fait capturer. Raiden se réveille alors devant Solidus qui reconnaît son ancien élève... il y a longtemps c'est lui qui lui a appris à se battre alors que le jeune homme était encore enfant. Il décide de ne pas le tuer pour s'en servir comme appât pour trouver qui se cache derrière le ninja. Une fois Solidus hors de la pièce où est emprisonné Raiden c'est Olga qui vient le délivrer et elle lui explique entre autres qu’elle est le ninja mais aussi que les Patriotes ont sa fille en otage et que si le jeune homme meurt, cette dernière meurt avec lui.
Beaucoup de questions restent donc un suspens dans la tête de notre héros surtout que depuis l'infection du système le colonel Campbell commence à avoir des discours incohérents. Encore un peu plus tard, dans un face à face, Solidus fait mine de vouloir tuer Raiden et apparaît ainsi Olga. Le plan pour démasquer l'intrus a donc bien marché et ce dernier tue la femme qui meurt sur le coup. Fortune capture Snake et le conduit vers Raiden et le boss déjà présent sur l'Arsenal Gear. Enfin arrive Ocelot et les révélations peuvent commencer:
La Big Shell sert en fait d'environnement aux Patriotes qui veulent créer une simulation du soldat parfait et cela en recréant le plus possible à l'identique les événements de Shadow Moses. Voilà pourquoi les Patriotes ont kidnappé la fille d'Olga afin de créer le ninja. La Dead Cell a elle été manipulé afin de représenter Fox-Hound et même Solidus Snake fait partie du plan de simulation... rien n'a été laissé au hasard. Raiden a été choisi parce qu'il incarne parfaitement le Snake de l'époque qui se battait que dans le but d'assouvir sa soif de violence alors que maintenant l'homme est beaucoup plus posé et se bat pour ses idéaux. Fortune a elle hérité son "pouvoir" des Patriotes et n'oublions pas le colonel qui est en fait L'I.A. de l'Arsenal Gear et Rose qui avait pour but d'espionner Raiden depuis leur rencontre. L'apparition de Solid Snake est pour Ocelot la seule chose qui n’ait pas été prévue au plan...
Après ces révélations Fortune essaie de tuer ce dernier qui lui décoche une balle en pleine poitrine. Juste avant de partir Ocelot prend possession d'un Metal Gear et tire sur le petit groupe mais Fortune encore debout arrive à dévier les missiles grâce aux patriotes qui lui redonnent ses "pouvoirs" pour que la simulation arrive à ses fins. Tout d'un coup Liquid, dont le bras a été greffé à Ocelot, prend vie à travers celui-ci. Il dit que c'est seulement à la vue de Snake qu'il peut prendre conscience à travers le corps de l'homme et qu'il s'est donc arrangé pour que son "frère" face signe de présence. Est-ce que les Patriotes ont quelque chose à voir là dedans? C'est la question qu'on peut se poser. Liquid décide de partir avec son Metal Gear à la recherche des Patriotes mais il ne sait pas que la disquette que Snake a remit a Ocelot est vide. Malgré ça Snake décide de prendre son clone en chasse laissant Raiden seul avec Solidus.
Mais les révélations ne s'arrêtent pas là. L'I.A. de l'Arsenal Gear contact notre héros pour lui dire qu’Ocelot avait tord sur toute la ligne. Le plan était en effet de recréer Shadow Moses mais seulement dans le but de voir si l'Arsenal Gear était opérationnel en créant une situation de crise tout comme en 2005 dont Snake était sortie acclamé par le peuple (ce qui avait complètement échappé aux Patriotes). Erreur rectifiée deux ans plus tard en faisant passer Snake pour responsable des événements du Tanker. L'I.A. se justifie aussi du "filtrage d'informations" disant que le peuple tout seul n'est pas capable de filtrer les informations favorables à son évolution et que sans eux le monde se noierait dans un flot de choses inutiles. Les Patriotes ne font que donner au monde un certain contexte dans lequel il a une certaine liberté. Cette dernière phrase s'adresse d'ailleurs directement au joueur à qui on donne dans le jeu "un certain contexte dans lequel il a une certaine liberté" ce qui force le joueur a s'identifier au personnage et donc à réfléchir à toutes ces choses (qui ne sont pas sans rappeler la manipulation des informations dans notre société actuelle).
L'I.A. ordonne à Raiden de terminer la simulation en tuant Solidus mais celui-ci refuse. De toute façon notre héros n'a pas le choix car c'est son ennemi qui commence à engager le combat. Solidus finit par mourir et Snake revient rendre visite à son ami Raiden. Il lui dit que grâce à un capteur il peut maintenant suivre Liquid à la trace. Les derniers mots que Snake lui dit s’adressent aussi directement au joueur. Ce dernier lui explique que ce qui est le plus important n'est pas forcément de savoir ce qui est vrai ou ce qui est faux dans notre monde mais plutôt d'avoir des valeurs ainsi que des idéaux et de ne pas les perdres de vue.
Pour finir Raiden s'en va rejoindre Rose, sa fiancé, à qui il pardonne tout. Les deux éprouvent un amour véritable l'un pour l'autre. Avant de conclure Snake s'adresse cette fois simplement au joueur pour expliquer que son principal but est de transmettre ses valeurs aux générations futures. On peut alors imaginer que c'est Kojima lui-même (le créateur du jeu) qui parle au nom de son héros...

• A la toute fin du jeu on peut entendre Otacon s'adresser à Snake. Il lui dit que les noms des Patriotes venants de la disquette sont les noms de personnes mortes il y a environ 100 ans! Le mystère n'est pas prêt d'être résolu...
• A la fin du jeu on peut se poser la question de savoir si l’I.A. de l’Arsenal a vraiment été détruit…