D'après ce que j'ai compris après quelques heures de jeu :
Tu dois pacifier le village, en le détruisant, en faisant sa quête, ou en le soudoyant.
Ensuite, pour l'intégrer à ta faction, tu dois avoir une ville dessus. Donc créer un Colon (qui nécessite d'avoir au moins 2 ouvriers dans la ville où tu vas le créer, car il va t'en bouffer 1), et construire ensuite la ville dans le territoire où est le village faction mineure.
Une fois fais, tu vas dans la page "Empire", et tu peux l'assimiler moyennant de l'Influence.