Ça peut pas vraiment te bloquer dans la quête principale.
Le mieux, tant que tu n’as pas fini la quête principale, est d’utiliser un portail pour un système précis que tu as récupéré pour aller chercher un multi-outils / vaisseau / pet, puis de reprendre le portail pour retourner où tu en étais, pour ne pas t’éloigner trop des objectifs.
Mais en pratique, si tu t’éloignes trop des objectifs, tu peux réinitialiser les missions pour les mettre dans les systèmes voisins de ta position actuelle.
Donc logiquement, non, ça ne peut pas te bloquer.
Après tu peux également expédier la quête principale (qui dure une 20taine d’heure) pour récupérer les 16 glyphes (lors de la dernière mission principale) et ensuite être totalement libre.
Bref, que tu récupère les glyphes par toi même ou en « finissant » le jeu, ça ne te bloquera en rien.