Si tu peux modder, essaie ceci https://www.nexusmods.com/fallout4/mods/23136
C'est un mod qui te permet d'utiliser simultanément le CS + le gamepad sans que l'un prenne le pas sur l'autre.
Il faut F4SE si ce n'est déjà fait.
Si ça marche, je te conseille de regarder dans les options, section gameplay si la manette n'est pas restée activée par défaut sans prendre en compte ton ini.
Là pour le coup, j'ai encore regarder, et c'est toujours relatif a la manette ce problème.
J'espère t'avoir aider