La fin est plus ouverte à des analyses qu'à des certitudes.
Pour ma part je pense que :
- la simulation que l'on vit ne correspond absolument pas à ce qu'il s'est passé; ça n'est pas cohérent de la part d'Alex que de faire revivre ce qui s'est déjà produit ... on est bien dans une simulation, basée sur une part existante mais beaucoup d'invention. Selon moi ce qui a eu lieu c'était l'existence de la station, certains protagonistes (sachant que ceux que l'on voit à la fin, en forme d'IA, peuvent très bien n'avoir jamais existé ), le fait que Morgan ait été le sujet des expériences successives et basta. J'envisage plutôt que la situation a dégénérée (comme dans la simulation) mais que derrière la Terre n'a pas été prévenue, que les Typhoons ont envahi la Terre.
Sachant que les "inventions" de la simulation sont dictées par Alex mais aussi par l'inconscient de Morgan pour moi, notamment le Cuistot (qui brise le 4ème mur) et la présence du Cauchemar qui n'est en fait pour moi qu'une transposition de Morgan lui même (dans sa description il est dit que c'est une adaptation des Typhoons à Morgan lui même).
Quid de Morgan et Alex ? Vu qu'Alex est en vie c'est soit qu'il n'était pas sur la plateforme (mais je n'y crois pas), soit qu'il a pu s'enfuir. Et pour moi il s'est enfuit avec Morgan.
- le personnage qui subit la simulation n'est autre que Morgan, mais qui a été irrémédiablement transformé par les Neuromods. A la fin on devine que la Chose n'est pas un simple Typhoon (vu qu'elle prend une forme humaine) mais une chose hybride (cf le fait que ce soit "humain"), et donc qui colle le plus ? Morgan, parce que ce sont ses souvenirs, parce que ca colle avec l'univers, parce qu'il est (de très loin) le plus gros utilisateur de Neuromods ...