Il te faut un motif pour le mettre en prison.
Tu peux l'excommunnier, ça te donne un motif pour l'emprisonner. Si il se rebelle en tentant de l'emprisonner, tu auras alors un motif valable pour lui retirer un titre.
Si il ne se rebelle pas et est bel et bien emprisonné, il te suffit de le libérer, comme il sera toujours excommunié tu pourras répéter la manœuvre jusqu'à la rébellion.
Tu peux aussi révoquer son titre arbitrairement si tes lois le permettent, ça va engendrer un peu de tyrannie mais c'est négligeable.
Par ailleurs, quand tu crée un nouveau domaine, il te suffit de faire un clique droit sur sa case (en bas a gauche), puis de sélectionner "nouveau vassal", le domaine sera automatiquement attribué à un personnage de ta culture et de ta religion, sans dynastie.