J'ai eu le même soucis et j'ai trouvé la solution sur les forums anglais. Dans le doute, et vu que ça arrivera surement à d'autres personnes, je vais poster pour éviter d'autres sujets dessus :
Les 2 fioles d'expériences manquantes se trouvent visiblement juste après la grenouille. Sur la plateforme, pour des raisons inconnues, soit 2 ennemis n'apparaissent pas, soit ils ne donnent pas de fiole. La solution ... apparemment changer le niveau de difficulté ! Je jouais en difficile depuis le début, j'ai passé le jeu en facile, ça marche quand même.
2ème chose à vérifier aussi : ne pas mettre la fréquence des indices sur "jamais" ... allez comprendre la logique, en tout cas ça semble être impératif.
Enfin, pour certaines personnes il faudrait visiblement ne pas faire tomber les nids d'abeilles. Perso, j'ai déclenché le 1er accidentellement, et un ennemi a déclenché le 2nd, ça m'a pas empêché d'avoir enfin ces 2 foutues fioles.
En espérant que ça serve.