Si tu n'as pas encore terminé le mode histoire alors je te conseille de le faire, en effet ce dernier est beaucoup plus intéressant à jouer avec la difficulté au maximum (surtout les deux derniers boss). En plus, les derniers chapitres sont de bonnes sources d'expérience et de loot.
Si en revanche tu as déjà terminé ce mode alors il te reste uniquement le farming ou le prestige.
En ce qui concerne les Doop, ils sont aléatoires. Donc il n'y a malheureusement pas d'autre solution que de jouer et farmer à outrance.
Pour ce qui est des essences oméga, elle servent uniquement à passer oméga (boost des stats) lors de ton 7ème prestige. Pour le moment (sur console en tout cas) il n'y a que Spiderman qui a accès au prestige oméga. Les autres personnages devraient suivre dans la foulée (pas de date pour le moment).
Je te suggère si tu as d'autres questions d'aller sur la page Facebook du jeu, qui est un peu plus vivante qu'ici :
https://m.facebook.com/groups/299484743828929?tsid=0.891025794750699&source=result