Je suis en train de refaire le jeu justement et je n'ai pas eu de sceaux non plus, mais de mémoire c'est normal, la crypte est en plus des 6 tombeaux d'assassin. Je me demande même si à la base c'était pas un DLC, mais je dois sans doute me tromper.
Dans tous les cas, les sceaux ne sont que dans les "vrai" tombeaux.