Même si vous avez demandé il y a 2 ans, je vais tacher de résumer le jeu:
Tout commença quand un couple, George et Maria, disparait mystérieusement au début du 20ème siècle en Amérique. Un jour, l'homme revient sans Maria et fait d'étrange recherches. Puis 80 ans passèrent.
Dans les années 80, de mystérieux événement surnaturel se produisent dans tout le pays, comme la maison du héros du jeu, Ninten, se fait attaqué par des poltergeits. Après les avoir chassé, il trouve le journal de son arrière grand père, à savoir George, qui lui fait savoir que sa famille peuvent avoir des pouvoirs psychique et lui demande de résoudre le mystère de ces événements. La quête de Ninten commence.
Ninten va alors dans un premier temps secourir une fille prisonnier d'un cimetière peuplé de mort vivant, puis parcours un zoo peuplé d'animaux devenu fou et combat une étrange créature extra-terrestre.
En explorant une grotte pas loin, il découvre une pierre rose qui le propulse dans Magicant, un monde peuplé d'êtres magique et rencontre son dirigeante, la reine Mary qui lui demande de trouver tout les parties d'une mélodie à travers le pays pour recouvrir la mémoire. Ninten parvient à revenir en Amérique et au cours de son voyage, se lie d'amitié avec Loid, un petit génie scientifique harcelé par ses camarade d'école et Ana, une fille possédant des pouvoirs psychique comme Ninten qui vont le rejoindre.
Ensemble, ils explorèrent divers usines abandonnés, manoir hanté et désert tout en récupérant les différents morceaux de la mélodie. Ils arrivèrent plus tard dans un village peuplé d'enfants dont leur parents furent kidnappés par des extraterrestres. Après avoir passé des marais, le groupe arrivèrent dans une ville peuplé par la criminalité. Ils parviennent à battre Teddy, le chef des délinquants et décide de rejoindre leur groupe.
Ils partent ensuite pour le mont Itoi, la montagne la plus haute et la plus dangereuse du pays. Malgré la puissance des envahisseurs, le groupe y progresse tant bien que mal. Ils sont aspiré dans un laboratoire sous un lac, dedans ils rencontrèrent un robot, EVE, construit par George pour protéger les descendants de sa famille. EVE suivis le groupe et périt en combattant un autre robot. Au sommet de la montagne, il trouvèrent la tombe de George et découvrent que le chef des envahisseurs, Giygas, est responsable de tout les problèmes qui sont arrivés en Amérique.
Ayant pu trouver tout les parties de la mélodie, le groupe retournèrent à Magicant pour la jouer devant la reine. En l'entendant, elle retrouve ses souvenirs. Elle se rappelle être Maria et que cette mélodie est une berceuse qu'elle chantait à Giygas qui l'a élevé comme si c'était son propre enfant. Maria trouve alors le repos alors qu'elle et tout Magicant, qui était une construction de son esprit, disparait.
Le groupe furent de retour au mont Itoi, prêt à affronter Giygas (tout en découvrant où furent enfermés les personnes enlevés par les aliens). Confrontant les enfants avec son vaisseau spatial et ses pouvoirs, il dévoile qu'il prévoit d'envahir la Terre pour se venger de George d'avoir voler des secrets de son peuple (les fameux pouvoirs PSY) mais offre à Ninten la possibilité de le rejoindre par respect envers le descendant de la femme qui l'a élevé. Mais Ninten refuse et lui et ses amis chantent alors la mélodie que lui chantait Maria. Complètement tiraillé entre la loyauté envers son peuple et son amour envers sa mère adoptive, Giygas abandonne son projet d'invasion et quitte la Terre en jurant vengeance.
Les personnes kidnappés furent sauvés, les événement surnaturel s’arrêtèrent, le groupe rentrèrent chez eux et Ninten prend un bon sommeil bien mérité.