Je pense qu'on peut commencer par le mode Story, puis poursuivre par le mode Classic.
C'est ce que j'ai fait pour le premier Untold, ça m'a permis de prendre mes marques dans le jeu avant de créer des personnages plus maîtrisés.
Après, si tu as l'habitude des Etrian Odyssey, tu pourras commencer par le Classic. Le Story sera sans doute à faire une fois pour voir les différences et le scénario, mais le jeu principal sera finalement en mode Classic, plus permissif en termes de classes.