Selon moi, et je pense pas être loin de la réalité, initialement on voulait faire de Nights un être asexué. Donc je pense pas qu'il faille chercher s'il est garçon ou fille. Dans le fond ça n'a absolument aucune importance, comme dans la vraie vie.
Et le fait que l'on parle de lui au masculin, c'est pour une raison linguistique: en français on parle des choses au masculin par défaut.
Je trouve d'ailleurs dommage qu'on lui ait attribué une voix, masculine de surcroît, dans Nights Journey of Dreams.