Dans un style typiquement manga, on nous raconte la destinée d´un jeune garçon nommé Satoru Amatsubo, un petit prodige de l´informatique qui se retrouve en possession d´un CD-Rom contenant des données secrètes recherchées activement par un groupe de malfrats. Dès lors, notre ami va devoir faire le jour sur cette affaire tout en échappant à la traque incessante des hommes en noir qui le pourchassent. Aidé dans sa tâche par son amie Lina, Satoru va rapidement attirer l´attention d´un groupe de cyber-détectives intéressés par ses compétences de hacker. L´histoire commence véritablement au second chapitre, alors que Satoru vient d´intégrer l´équipe de la GIS, la Genius Intelligence Society.