Je préfère de loin à titre personnel Persona 2 Innocent Sin. L'histoire et les personnages que j'affectionne particulièrement, et un background encore plus renforcé si on lit/connaît les théories de Jung.
Niveau gameplay Persona 3 est plus complet et mieux même si personnellement j'apprécie beaucoup le système de P2 qui est simple et efficace avec les Ranks et le fait que les persona ne montent pas de niveau (bien moins chiant).
Puis le coup des rumeurs est complet et original.
L'unique défaut pour moi est la facilité.
J'ai vraiment aimé l'équipe de héros qui est travaillé puis je me reconnais dans un peu dans chacun des héros alors forcément ça joue.
Persona 3 a un casting plus variable: certains sont intéressants et bien fichus tandis que d'autres sont plus caricatural (mais restent quand même bon même si trop manga).
Niveau filles par contre je les trouves toutes intéressantes (du moins celles de combats) mais les mecs (surtout un) fait vraiment trop shonen.
L'histoire est bien même si elle met un temps fou à démarrer (le jeu débute en Mars et tu commence vraiment à t'intéresser en Juillet). Aussi le côté références aux théories de Jung est perdu.
Par contre elle à l'un des Boss Final les plus épique que j'ai jamais battu!
Et si tu prends la version PSP le point de vue féminin est extrêmement intéressant et permet de revoir complétement ton point de vu d'un perso, tout du moins de l'améliorer.