Non, si tu l'as synchronisé avec le Steam Cloud, tout sera toujours là.
Pour vérifier le cache d'un jeu, fait clic droit sur ce jeu, puis propriétés. Tu devrais voir un onglet Fichiers (ou quelque chose comme ça), clique dessus, et là, tu auras l'option vérifier le cache du jeu, qui verifira si un fichier est manquant/endommagé/corrompu.
As-tu installé des mods ? Cela pourrait aussi causer le bug. Si tu vérifie le cache, et que Steam trouve ces fichiers moddés, il va les remplacer par les originaux. (Sauf si tu utilises Sonic GMI, auquel cas il faudra cliquer sur un bouton pour que tout revienne.).