Bon il n'y a plus personne ici mais je surveille le forum relativement souvent donc voilà:
Quant l'oiseau s'envole avec ta tête, presses les touches L2+R2 (je ne suis plus sûr, mais c'est les touches pour regarder avec la vue à la première personne) pour voir où se situe le nid. Il ne te reste plus plus localiser le nid et à récupérer ton crâne.
Pour abaisser le pont sur un des bateau qui te permettra de rejoindre le calice et le reste du niveau, vas dans le petit bâtiment tout au bour du quai.
Tu dois placer ton crâne dans le renfoncement dans la paroi du fond. Utilise ensuite la vue à la première personne pour voir quels niveaux tu dois faire correspondre avec quels chiffres en frappant les lesviers disposés dans la salle.
Une fois l'énigme résolue, il ne te reste plus qu'à continuer ton chemin!