Non, c'est bien Jack qui détourne l'avion
La lettre qu'il lit dans l'avion est une lettre envoyée par Atlas. On peut facilement imaginer qu'il soit écrit "Faites s'écraser l'avion, je vous prie."
Dans le 1, l'écran devient noir pendant qu'il lit la lettre, c'est à ce moment qu'il se lève et détourne l'avion avec le revolver envoyé avec la lettre, dans le paquet cadeau.
C'est tout de même incroyable que l'on ne découvre ça que 7 ans après la sortie du jeu. Kudos à Levine et à Irrational Games